Wenn Übergänge sein müssen, dann mach es fließend. Es gibt nichts schlechteres als ein Lied einfach in der Mitte aufhören zu lassen und dann eine völlig andere Musikrichtung reinzuknallen.
Wenn du z.B mit Sony Vegas arbeitest, füge leere Frames ein und setzte diese an das "Ende" des Liedes. So wird das Lied dann langsam leiser... (nur als Beispiel).
Ansonsten kann ich dir nur wiedermal das Sin - Guildmovie empfehelen, dort sind die Musikübergänge sehr gut.
Hoffe dein Video wird was ; )